Wcześniej nieznany sarbekowirus ujawniony u nietoperzy w Wielkiej Brytanii

Wcześniej nieznany sarbekowirus ujawniony u nietoperzy w Wielkiej Brytanii
Wcześniej nieznany sarbekowirus ujawniony u nietoperzy w Wielkiej Brytanii
Anonim

Naukowcy odkryli nowego sarbekowirusa RhGB01 po zbadaniu zaledwie 53 próbek kału podkowca, rozszerzając zakres geograficzny i gatunkowy koronawirusów, takich jak SARS-CoV i SARS-CoV-2. Przypuszczalnie można je znaleźć w całym zasięgu Rhinolophidae - od Australii i Japonii po Europę i Afrykę.

Ponad rok później źródło obecnej epidemii koronawirusa jest nadal nieznane, pomimo tysięcy badań, raportów WHO, śledztw i nie tylko. Podkowce (Rhinolophus) są uważane za naturalnych żywicieli zarówno SARS-CoV (zespół ciężkiej ostrej niewydolności oddechowej, który pojawił się w 2002 r.), jak i naszego SARS-CoV-2, ale nie zidentyfikowano żadnego pośredniego nosiciela, który przeniósł wirusa na ludzi.

Zasięg nietoperzy obejmuje większość Starego Świata, ale większość próbek została wcześniej pobrana w Azji Wschodniej i Południowo-Wschodniej: tam około 50 koronawirusów związanych z SARS znaleziono u dziesięciu gatunków nietoperzy, z których 48 należy do dziewięciu różnych nietoperze podkowiaste. Analiza filogenetyczna nowych sarbekowirusów – czyli koronawirusów związanych z SARS – w kształcie podkowy w Chinach wykazała, że są one najściślej spokrewnione z SARS-CoV i SARS-CoV-2.

Naukowcy z University of East Anglia postanowili uzupełnić te dane. Autorzy badania, opublikowanego wczoraj w Scientific Reports, zebrali odchody kilkudziesięciu małych zwierząt w kształcie podków w Somerset, Monmouthshire i Walii w sierpniu i wrześniu 2020 roku. Zwierzęta chwytano za pomocą pułapek lub sieci umieszczanych w pobliżu schronień iw lasach.

Kał umieszczono w pojedynczych sterylnych probówkach zawierających roztwór RNAlater do stabilizacji RNA, schłodzono i przechowywano zamrożone przed analizą. Naukowcy przeprowadzili następnie sekwencjonowanie genomu, które pozwoliło zidentyfikować nieznanego wcześniej wirusa w jednej z 53 próbek. Został nazwany RhGB01. Wirus zawiera 10 genów kodujących, natomiast SARS-CoV i SARS-CoV-2 – 11 genów z włączeniem białka ORF8.

„Filogeneza białka kolczastego i sekwencji nukleotydowych wykazała, że RhGB01 łączy się w monofiletyczny klad z BM48-31/BGR/2008, sarbekowirusem nietoperza podkowca Blasius (Rhinolophus blasii), odkrytym w 2008 roku w Bułgarii. RhGB01 różni się od kladów zawierających patogenne ludzkie beta-koronawirusy SARS-CoV i SARS-CoV-2, ale ściślej koreluje z koronawirusem związanym z ciężkim zespołem ostrej niewydolności oddechowej”- piszą naukowcy.

Głównym receptorem dla przenikania SARS-CoV i SARS-CoV-2 do organizmu pozostaje enzym ACE2, taką możliwość zapewnia mu motyw wiążący receptor (RBM) w obrębie domeny wiążącej receptor (RBD) Białko S - tworzy otoczkę wirusa. Nowy RhGB01 ma 68% i 67% identyczności aminokwasów odpowiednio z RBD SARS-CoV i SARS-CoV-2, ale tylko 43% i 48% jest do nich podobnych w RBM. Dla porównania: najbliższe wirusy związane z SARS-CoV-2, nietoperze i łuskowce mają 89% i 86% koincydencję z RBD SARS-CoV-2 i 75, 77% z SARS-CoV. Ponadto RhGB01 wykazuje niewielkie podobieństwo RBM do wirusa zespołu oddechowego Bliskiego Wschodu (MERS). Nie ma jednak dodatkowego miejsca rozszczepienia furyny na połączeniu białek S1 i S2, co jest specyficzne dla SARS-CoV-2.

„Niski poziom podobieństwa, brak reszt kontaktowych i różnice strukturalne w porównaniu z domeną wiążącą receptor SARS-CoV i SARS-CoV-2, najprawdopodobniej wskazuje na brak zdolności do wiązania się z ACE2. Dlatego jest mało prawdopodobne, aby RhGB01 był zoonotyczny, jeśli nie jest zmutowany. Jednak testy in vitro są wymagane, aby eksperymentalnie potwierdzić brak wiązania z ACE2 lub innymi receptorami w komórkach ludzkich oraz określić zdolność do wiązania się z innymi receptorami ACE2 ssaków”- zauważyli autorzy badania.

Chociaż wydaje się, że RhGB01 istnieje od tysięcy lat, naukowcy uważają, że warto wzmocnić nadzór nad koronawirusami u podkowca w całym ich zasięgu, a także u innych gatunków nietoperzy. W końcu zarówno SARS-CoV, jak i SARS-CoV-2 prawdopodobnie ewoluowały w wyniku mutacji, rekombinacji homologicznej (wymiany sekwencji nukleotydowych między dwoma podobnymi lub identycznymi chromosomami) i „przejścia” przez co najmniej jednego gospodarza pośredniego.

Oznacza to, że poprzednik wirusa naturalnego gospodarza otrzymał adaptację genetyczną, która umożliwiła skuteczne zarażanie ludzi i przekazywanie między nami. A tam, gdzie istnieje możliwość homologicznej rekombinacji sarbekowirusów poprzez koinfekcję, istnieje ryzyko nowych chorób odzwierzęcych.

„Każdy nietoperz z wirusem podobnym do SARS może stać się kotłem mutacji. A jeśli nietoperze z RhGB01 zostaną zarażone SARS-CoV-2, istnieje ryzyko, że te wirusy będą hybrydyzować - i pojawi się nowy, który już będzie w stanie zainfekować ludzi”- podsumowali naukowcy.

Zalecana: